Η εμπλοκή του πρώτου τη τάξει υπουργού της Κύπρου, στην κορυφαία αντιστασιακή ενέργεια, εκείνη της απόπειρας κατά του δικτάτορα Παπαδόπουλου, δε μπορούσε να αμφισβητηθεί.
Παρ’ ότι ο ίδιος ο Παναγούλης αρνούνταν μέχρι τέλους και ενώπιον των στρατοδικών, την εμπλοκή αυτή, από άλλους συναγωνιστές του «ξέφυγε», κάτω και από τα ανείπωτα βασανιστήρια, η αλήθεια. Η οποία και ειπώθηκε ανοιχτά, μετά την πτώση της δικτατορίας.
Παρά ταύτα αποτελεί ένα ερώτημα, ανοιχτό μέχρι και σήμερα στην ιστορική έρευνα, γιατί η χούντα αποφάσισε να δώσει τη μεγαλύτερη δυνατή δημοσιότητα, στο γεγονός.
Προφανώς και είχε, ειδικά στις συνθήκες του 1968, όπου ούτε καν «χαραμάδες» τη δυνατότητα να κρατήσει μυστική την είδηση, όπως της ζητήθηκε από την κυπριακή κυβέρνηση, τον Μακάριο δηλαδή.
Η χούντα, δηλαδή ο Παπαδόπουλος, επέλεξε να δώσει στη δημοσιότητα, όλο το πόρισμα του ανακριτικού τμήματος της ΕΣΑ, που επείχε θέση παραπεμπτικού βουλεύματος, στο Εκτακτο Στρατοδικείο («συγγραφέας» ο περιβόητος Θεοφιλογιαννάκος) συμπεριλαμβανομένου και του επίμαχου σημείου, που αφορούσε στη στήριξη του Γιωρκάτζη στον Παναγούλη και τους συντρόφους του.
Προκάλεσε δηλαδή εσκεμμένα μια μείζονα κρίση, στις σχέσεις Αθηνών-Λευκωσίας κι αυτό είναι απολύτως ενδεικτικό για τις διαθέσεις της χούντας, απέναντι στην Κυπριακή Δημοκρατία και προσωπικά τον Αρχιεπίσκοπο Μακάριο.
Φτάνοντας τα πράγματα στα άκρα, η χούντα των Αθηνών, κατάφερε πράγματι ένα καίριο πλήγμα στην κυπριακή κυβέρνηση, φέρνοντας σε εξαιρετικά δύσκολη θέση τον ίδιο τον Κύπριο ηγέτη, που ήταν υποχρεωμένος να στερηθεί τον πιο στενό συνεργάτη και κορυφαίο υπουργό του.
Όταν μάλιστα ήδη είχε υποχρεωθεί να αποπέμψει από την κυβέρνηση του, τον υπουργό Εξωτερικών Σπύρο Κυπριανού, επειδή δεν ήταν αρεστός στους συνταγματάρχες.
Σε αντίθεση όμως με τον Κυπριανού (που αργότερα έγινε ο διάδοχος του Μακαρίου, στην προεδρία της Κυπριακής Δημοκρατίας), ο Γιωρκάτζης αντέδρασε με έναν τρόπο, που έφερε τη δική του προσωπική σχέση με τον Μακάριο.
Επιβεβαιώνοντας όσους αναφέρονταν στις σκοτεινές πτυχές της προσωπικότητάς του, που τον καθιστούσαν ικανό για το καλύτερο, αλλά και το χειρότερο, συμμάχησε με τα πιο ακραία στοιχεία της χούντας στην Κύπρο, συμμετέχοντας σε δολοφονικές απόπειρες κατά του Μακαρίου!
Αυτές οι παλινδρομήσεις τον έφεραν στο χείλος του γκρεμού και, εν τέλει, βρήκε τραγικό θάνατο, μετά από ενέδρα που του έστησαν εκείνοι με τους οποίους είχε συμμαχήσει, στην τελευταία φάση της πολυτάραχης ζωής του.
Η στυγερή δολοφονία του δε διαλευκάνθηκε ποτέ, παρά το γεγονός ότι είχε διαρρεύσει από τότε το όνομα του δολοφόνου του.
Πολλά χρόνια αργότερα, οι συναγωνιστές του Παναγούλη, αποκάλυψαν πολλά για τα της απόπειρας και της κυπριακής περιπλοκής.
