Για αλλοίωση του «από ιδρύσεως του Ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξου χαρακτήρα του» του μαθήματος των Θρησκευτικών κατηγορούν με προσφυγές τους στο Συμβούλιο της Επικρατείας τον πρώην υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, Νίκος Φίλη.
Με αυτές η Πανελλήνια Ένωση θεολόγων καθώς και δέκα γονείς και θεολόγοι από διάφορες περιοχές της χώρας ζητούν να ακυρωθούν ως αντισυνταγματικές, αντίθετες στην Διεθνή Σύμβαση της Ρώμης, παράνομες και αντίθετες στη νομολογία του Συμβουλίου της Επικρατείας οι αποφάσεις του πρώην υπουργού για το θέμα της διδασκαλίας που φέρνει ριζική αλλαγή στο χαρακτήρα του μαθήματος.
Συγκεκριμένα, θεωρούν ότι με το νέο πρόγραμμα σπουδών μετατρέπεται σε «ιδιότυπη θρησκειολογία, στην οποία αναμειγνύονται η Ορθόδοξη Πίστη με τα υπόλοιπα δόγματα και θρησκεύματα, δημιουργώντας σύγχυση στους μαθητές
-Γίνεται ουσιαστικά από ομολογιακό μάθημα, μάθημα γνώσεων των θρησκευτικών, ακυρώνοντας ουσιαστικά το αναμφισβήτητο δικαίωμα των γονέων και μαθητών για παροχή θρησκευτικής εκπαίδευσης σύμφωνα με τις δικές τους θρησκευτικές πεποιθήσεις.
-Η συρρίκνωση του χρόνου διδασκαλίας περιθωριοποιεί και αποδυναμώνει πλήρως το δικαίωμα της θρησκευτικής εκπαίδευσης, κατά παράβαση των συνταγματικών διατάξεων.
-Οι μαθητές στερούνται του συνταγματικού τους δικαιώματος να διδαχθούν αυτούσια την πίστη τους στο σχολείο
Αντίθετα όπως αναφέρουν μέχρι σήμερα το διδασκόμενο μάθημα των θρησκευτικών, είχε χαρακτήρα ομολογιακό, ήτοι διδακτικό της θρησκείας των μαθητών, οι οποίοι είναι στην συντριπτικοί τους πλειοψηφία στην Ελλάδα βαπτισμένοι Ορθόδοξοι Χριστιανοί, ενώ παρεχόταν μέχρι τώρα η δυνατότητα απαλλαγής από το μάθημα για τους μη Ο.Χ.
Παράλληλα διδάσκεται εναλλακτικά «ομολογιακού περιεχομένου μάθημα» θρησκευτικών για τους Έλληνες Μουσουλμάνους, Εβραίους και Ρωμαιοκαθολικούς, δηλαδή οι μαθητές στην περίπτωση αυτή διδάσκονται την πίστη των γονέων τους.
