Κατά την ένταξη της Κύπρου στην Ευρωπαϊκή Ένωση, την Πρωτομαγιά του 2004, περιλήφθηκε στη Συνθήκη Προσχώρησης ένα πρωτόκολλο που αφορούσε τις Βρετανικές Βάσεις.
Πιο συγκεκριμένα, το Πρωτόκολλο 3 πρωτίστως σημειώνει πως το έδαφος των Βάσεων δεν αποτελεί έδαφός της και συνεπώς το κοινοτικό κεκτημένο γενικώς δεν ισχύει στις περιοχές των Βάσεων.
Έγιναν, όμως, εξαιρέσεις στον κανόνα αυτό και αναγνωρίστηκε η εφαρμογή μικρού μέρους του κεκτημένου στις Βάσεις (οι Βάσεις έγιναν με το Πρωτόκολλο μέρος του τελωνειακού εδάφους της ΕΕ και ισχύει σ’ αυτό τελωνειακή νομοθεσία της ΕΕ, ισχύει επίσης το κεκτημένο για γεωργία, αλιεία κ.λπ.).
Το Πρωτόκολλο ρυθμίζει ακόμη το ζήτημα της διακίνησης προσώπων ανάμεσα στο έδαφος των Βάσεων και εκείνο της Κυπριακής Δημοκρατίας.
Επηρεάζεται η συμφωνία αυτή, που περιέχεται στο Πρωτόκολλο 3, από το αποτέλεσμα του δημοψηφίσματος στη Βρετανία; Πρέπει να συζητηθεί εκ νέου;
Οι απαντήσεις και στα δυο ερωτήματα είναι θετικές. Πώς και πόσο θα πρέπει να εξεταστεί μέσα στο ευρύτερο πλαίσιο των διαπραγματεύσεων της ΕΕ με τη Βρετανία είναι ένα δεδομένο που θα το βιώσουμε προσεχώς. Περαιτέρω, η συμφωνία για την ανάπτυξη των ιδιοκτησιών που έχουν πολίτες εντός του εδάφους της Ένωσης είναι ένα ζήτημα το οποίο μπορεί να είναι διμερές, ωστόσο θα πρέπει να εξεταστεί προσεκτικά. Κατά πάσα πιθανότητα θα χρειαστεί να επανεξεταστεί.

Είναι προφανές πως μετά την έξοδο της Βρετανίας από την Ευρωπαϊκή Ένωση, το Λονδίνο θα θεωρεί ακόμη πιο σημαντικές τις Βάσεις στην Κύπρο. Κυρίως γιατί φεύγοντας από έναν οργανισμό, και ενώ δεν φεύγει από το ΝΑΤΟ, αναμένεται να δώσει περισσότερο βάρος στα δικά της γεωστρατηγικά πλεονεκτήματα.
Παρόλο που ουδέποτε υποβάθμισε τον ρόλο των Βάσεων, τώρα θα υπάρξει μια στροφή προς την αυτοσυντήρηση και την ανάδειξη των δικών της δυνατοτήτων, ως χώρα που έχει χάσει τις τελευταίες δεκαετίες την επιρροή της στο διεθνές πεδίο.