Προέβλεψε ότι Ελλάδα και Τουρκία θα έλυναν στο μέλλον τις διαφορές τους με την χρήση των όπλων και ότι η συμβολή του ναυτικού θα ήταν καθοριστική στην τελική έκβαση του πολέμου. Γι’ αυτό, έδωσε προτεραιότητα στην αναδιοργάνωση του στρατού και την ενίσχυση της στρατιωτικής ισχύς της χώρας. Στα επιτεύγματα της κυβερνητικής του πολιτικής συγκαταλέγεται η ενίσχυση του Μακεδονικού αγώνα. Μερίμνησε για την καταβολή προκαταβολής για την αγορά του θωρηκτού Αβέρωφ, το οποίο θα αποτελούσε την αιχμή του δόρατος της ελληνικής στρατιωτικής μηχανής στους μετέπειτα πολέμους.
Επί των ημερών της πρωθυπουργίας του, ο κρατικός προϋπολογισμός ήταν συνήθως πλεονασματικός και τα εξωτερικά δάνεια εξυπηρετούντο με συνέπεια. Στην προσπάθεια βελτίωσης των δημοσίων οικονομικών, πρωτεύοντα ρόλο είχε ο Ανάργυρος Σιμόπουλος (1837-1908). Ο Σιμόπουλος διετέλεσε υπουργός των Οικονομικών την περίοδο 1899-1907 και θεωρείται ίσως ο σημαντικότερος υπουργός επί των Οικονομικών της νεώτερης Ελλάδος. Επί των ημερών της υπουργίας του, ο κρατικός προϋπολογισμός παρουσίαζε αξιόλογα πλεονάσματα, κάτι το οποίο δεν έχει διαπιστωθεί σε καμία άλλη αντίστοιχη φάση της νεώτερης οικονομικής μας ιστορίας. Την περίοδο 1899-1907 τα συνολικά πλεονάσματα του κρατικού προϋπολογισμού ανήλθαν στο εντυπωσιακό ποσό των 102.500.000 δραχμών, επιβεβαιώνοντας την αποτελεσματικότητας της δημοσιονομικής πολιτικής των κυβερνήσεων Θεοτόκη με υπουργό οικονομικών τον Σιμόπουλο.
Την περίοδο 1898-1910, η συνολική ονομαστική αξία των συναφθέντων εξωτερικών δανείων ανήλθε σε 336.800.000 χρυσά γαλλικά φράγκα. Το τελικό ποσό των δανείων όμως που εισέπραξε η χώρα και αντανακλά την πραγματική τους αξία, διαμορφώθηκε σε 306.900.000 φράγκα. Με απώτερη επιδίωξη την αποδοτικότητα της κυβερνητικής οικονομικής πολιτικής, τα κεφάλαια αυτά αξιοποιήθηκαν για την στρατιωτική ενδυνάμωση της χώρας, την εξυπηρέτηση των ταμειακών υποχρεώσεων έναντι της Τουρκίας από τον ατυχή πόλεμο του 1897, την χρηματοδότηση επενδυτικών έργων υποδομής, κ.λπ. Η κυβέρνηση Θεοτόκη κατάφερε το ακατόρθωτο, να ισοσκελίσει τους κρατικούς προϋπολογισμούς και η Ελλάδα να είναι συνεπέστατη στην εξυπηρέτηση των δανείων της απέναντι στους ξένους πιστωτές. Ακόμα και τα μέλη της Διεθνούς Οικονομικής Επιτροπής εξεπλάγησαν με την γρήγορη εξισορρόπηση των Δημοσίων Οικονομικών της χώρας, κάτι το οποίο επισήμαναν σε γραπτά τους κείμενα.
Ο Θεοτόκης υπήρξε διορατικός, μεθοδικός, ρεαλιστής, διαλλακτικός και οραματιστής. Στα θετικά της προσωπικότητάς του είναι ότι κατάφερε να διατηρεί εξισορροπητικές σχέσεις με το βασιλιά και με τους αυλοκόλακες της ανακτορικής αυλής. Ωστόσο, η πολιτική αστάθεια και ο συχνός υποβολιμαίος ρόλος των ανακτόρων, δεν του επέτρεψαν να ολοκληρώσει το σύνολο του άρτιου και μεγαλεπήβολου κυβερνητικού του προγράμματος. Αν και η τέταρτη πρωθυπουργία του μεταξύ 8 Δεκεμβρίου 1905 και 7 Ιουλίου 1909 χαρακτηρίζεται επιτυχής, εντούτοις η διαφθορά στη δημόσια ζωή, οι αθεράπευτες πληγές στο κορμί της ελληνικής κοινωνίας από τον ατυχέστατο πόλεμο του 1897, η προσπάθεια χειραγώγησης του στρατού από την ανακτορική αυλή, τα προκλητικά βουλευτικά ρουσφέτια, κ.λπ., προκάλεσαν το επαναστατικό κίνημα στο Γουδί τον Αύγουστο του 1909. Το κίνημα στο Γουδί οργανώθηκε και εκτελέστηκε από τον Στρατιωτικό Σύνδεσμο. Ο Στρατιωτικός Σύνδεσμος αποτελείτο από κατώτερους αξιωματικούς, με επικεφαλής τον Συνταγματάρχη Νικόλαο Ζορμπά (1844-1920). Μετά την ανατροπή του φεουδαρχικού κομματικού κατεστημένου και την προκήρυξη εκλογών για Αναθεωρητική Βουλή, ο Σύνδεσμος εκπλήρωσε το έργο του και διαλύθηκε τον Ιανουάριο του 1910.
Ο Ελευθέριος Βενιζέλος (1864-1936) υπήρξε αρχικά πολιτικός σύμβουλος του Στρατιωτικού Συνδέσμου και από τον Οκτώβριο του 1910 και μέχρι το θάνατό του, θα αποτελέσει την κυρίαρχη προσωπικότητα στην πολιτική σκηνή της χώρας. Ο Θεοτόκης τοποθετείται στο ίδιο κάδρο με τους Καποδίστρια, Τρικούπη και Βενιζέλο. Η Ιστορία του Ελληνικού Έθνους (Εκδοτική Αθηνών, Τόμος ΙΔ, σελ. 190) υπογραμμίζει: «Το έργο του Θεοτόκη και το έργο της Επαναστάσεως και του Βενιζέλου, αποτελούν μια συνεχή και συνεπή προσπάθεια υπεύθυνων πολιτικών για την πολεμική προπαρασκευή της χώρας, δεν μπορούν να κριθούν κεχωρισμένα και οι εκτελεστές τους είναι εξίσου σχεδόν άξιοι της εθνικής ευγνωμοσύνης».
